各联合单位对实验室共商共建，组建实验室管理委员会，成员包括实验室建设依托单位和共建单位的分管科技工作领导，实验室管理人员和各方向负责人/核心骨干。管理委员会以学术委员会批准实验室发展规划为指导，完善实验室的组织结构、岗位设置，审批实验室的年度财政预算和决算，保障建设经费的足额落实，制定实验室的各项规章制度。
实验室将制定《云南省公共卫生与生物安全重点实验室建设与运行管理办法制度汇编》，切实加强实验室的内部管理。实验室的日常管理、条件保障和技术支持工作应始终满足教学、科研工作和开放服务的需求，确保实验室运行有序、环境优良、规范达标。
