生物医学工程研究中心成立于2006年，2007年被云南省教育厅批准为“云南省高校生物医学工程研究中心”，2013年被昆明市科技局批准为“昆明市康复医学工程技术研究中心”，同年，由云南省科技厅批准，与香港中文大学孔祥复院士共建 “云南省孔祥复院士工作站”。生物医学工程研究中心围绕学校建设“区域高水平医科大学”的总体目标，以“深化内部机制体制、加快内涵发展、产学研为一体、提升核心竞争力”为主线，努力实施人才工程、特色发展、交叉集成、开放合作等四大战略，切实提升中心的人才培养质量、科研水平与创新能力、成果转化与社会服务能力，加快推进中心全面协调可持续发展。初步建立集天然药物研发工程、医学影像工程、医学信息与计算机工程和生物材料工程产学研为一体的生物医学工程研究平台。形成一支针对云南省高等医学院校生物医学工程研究与产品开发的创新团队，为完善从本科、硕士到博士的多层次、全方位人才培养体系奠定坚实的基础，为云南省高等医学院校生物医学工程学水平提升、医疗卫生事业全面协调可持续发展乃至经济社会发展提供强有力的科技支撑。
